“트로이 목마”라는 이름은 그리스인들이 트로이 도시를 성공적으로 정복한 그리스 신화에서 유래되었습니다. 도시의 방어를 뚫기 위해 정복자들은 거대한 나무로 된 말을 만들고 그 안에 정예의 군사들을 숨겼습니다. 트로이 경비대가 "선물"을 도시로 들이도록 속인 후, 공격자들은 해가 질 때까지 기다렸다가 목마에서 나와 놀란 방어군을 제압했습니다. 

이 용어가 처음 악성코드와 연관해 사용된 것은 1974년 미 공근 리포트에서 컴퓨터 시스템의 취약점 분석에 촛점을 맞추면서입니다. 그러나 이 용어는 1980년대 ACM 터닝 어워드 리셉션에서 켄 톰슨의 강의 이후 처음으로 인기를 얻었습니다.

널리 알려진 최초의 트로이 목마 중 하나는 야생에서 처음으로 발견된 랜섬웨어인 “1989년의 에이즈 트로이 목마”였습니다. 이 악성코드는 질병 에이즈와 관련된 대화형 데이터베이스를 포함하는 것으로 알려진 플로피 디스크의 우편을 통해 배포되었습니다. 설치된 경우 프로그램은 90개의 부팅 주기를 기다린 다음 시스템의 루트 디렉토리에 있는 대부분의 파일 이름을 암호화합니다. 소프트웨어의 "라이선스 계약"에 따르면 피해자는 파나마 우체국에 189달러 또는 378달러를 보내 데이터를 다시 받아야 했습니다.