يشتق إسم "حصان طروادة" من القصة القديمة الكلاسيكية التي تشير إلى الغزو الناجح لمدينة طروادة من قبل اليونانيين. لتجاوز دفاعات المدينة، لقد صنعوا حصاناً خشبياً ضخماً و أخفوا مجموعة من جنود النخبة في الداخل. بعد خداع حراس طروادة في قبول "الهدية" إلى مدينتهم المحصنة، انتظر المهاجمون حلول الظلام، و هاجموا الحرس و تغلبوا عليهم.

في المرة الأولى استخدم هذا المصطلح في إشارة إلى الشفرات الضارة في تقرير سلاح الجو الأمريكي عام ١٩٧٤ و الذي ركز على تحليل نقاط الضعف في أنظمة الكمبيوتر. و مع ذلك أصبح المصطلح طروادة شائعاً في الثمانينيات، خاصة بعد محاضرة كين تومبسون في حفل إستقبال جوائز ACM  لعام ١٩٨٣.

واحد من أحصنة طروادة الأولى التي أصبحت معروفة على نطاق واسع و هو أيضاً أول فدية يظهر في الفضاء الإلكتروني “AIDS Trojan عام ١٩٨٩”. تم توزيع هذا الرمز الخبيث عبر البريد العادي على الأقراص المرنة التي يزعم أنها تحتوي على قاعدة بيانات تفاعلية مرتبطة بمرض الإيدز. في حالة التثبيت، ينتظر البرنامج ٩٠ دورة تمهيدية ثم يتم تشفير معظم أسماء الملفات في الجهاز. تطالب "إتفاقية الترخيص" للبرمجيات أن يرسل الضحايا ١٨٩ دولاراً أو ٣٧٨ دولاراً إلى صندوق بريد في بنما لإستعادة بياناتهم.